入母屋・二重屋根の総欅づくり、別名大雄宝殿という七堂伽藍の中心の建物です。
中央の須弥壇上に禅宗の本尊である釈迦無尼如来、脇侍として迦葉（かしょう）尊者、阿難尊者をお祀りしています。
如来は、死の恐怖、病気、四苦八苦などさまざまな衆生の悩みや苦しみを救済するため、その具体的な請願によって出現される仏様です。
尊像は右手を世無畏印、左手は与願印の印相をしています。
この印相は、人々の不安を取り除き、あらゆる願いをかなえてくれる大慈悲の心を表現しています。
また、須弥壇の左右には、禅宗の初祖である達磨大師と、大権修理菩薩を祀っています。さらに、両袖として曹洞宗の初祖である洞山悟本大師と、天童如浄禅師を奉安しております。
なお、大祖堂と佛殿は地下廊下でつながっております。
